GraphPad Prism 9 完整发布说明

GraphPad Prism 9 完整发布说明

2021-08-31

自2020年10月30日起,最新版本 GraphPad Prism 9已正式上线中国官网开放购买,欢迎访问中国官网获取更多有关 GraphPad Prism 9 的产品信息:www.graphpad-prism.cn

这篇推送就为大家详细介绍GraphPad Prism 9.0.0升级了哪些新功能,在性能上有哪些提升,修复了哪些错误。

GraphPad Prism 9.0.0 新的功能

01 主成分分析(PCA)

  • 主成分分析(PCA),一种通过最大化每个新维度的方差将高维空间中的数据投影到低维空间中的方法。PCA主要是一种用作探索性数据分析和建立预测模型的工具。它通常用于对群体之间的遗传距离和相关性进行分析和作图。

02 PCA生成的新图形类型

  • 碎石图(Scree Plots):Scree图用于显示主成分分析(PCA)中标识的每个主成分(PC)的原始特征值。

  • 分数图(Score Plots):分数图提供了一种在两个指定PC(通常以PC1为水平轴,以PC2为垂直轴)的新(缩小)维度空间中查看原始数据的方法。

  • 载荷图(Loading Plots):载荷图提供了一种显示两个选定主成分系数的方法。

  • 双标图(Biplots):双标图是分数图和载荷图的组合。

  • 方差比例图(Proportion of variance plots):该图类似于上述的碎石图,但使用的解释风格略有不同。

03 多变量图

多变量图(Multiple variables graphs)用多变量数据表中的数据作图:

  • 制作气泡图,其中符号大小由数字或分类变量编码。 
  • 使用其他变量对符号颜色和连接线的外观进行编码。 
  • 所有这些选择都是在外观升级的全新“格式图”(Format Graph)对话框上进行。 

04 气泡图

  • 气泡图采用新半透明配色方案。

05 估计图

  • 估计图(Estimation Plots),这是一种直观展示两样本比较检验(例如t检验)结果的图形。该图包含原始数据以及分析结果的总结,其目的是强调效应大小和置信区间的重要性,同时非只追求“显著性”的概念。

06 图形上的成对比较

  • 图形上的成对比较(Pairwise comparisons on graphs),这是在图形上自动生成的,它将用户数据与假设检验期间进行的成对比较的结果相结合(即,将显著性星标自动添加到图形中)。

GraphPad Prism 9.0.0 功能改进

01 非线性回归

  • 极大地提高了评估用户定义方程式的性能和准确性

  • 与其他任何参数一样,为微分方程定义X0

  • 创建5个残差图(包含新的实际与预测对比图 – Actual vs Predicted Plot)。之前版本,每个分析只能生成一张图。

  • 在NLR参数对话框的置信度(Confidence)标签中,对“不稳定的参数和模棱两可的拟合”(Unstable parameter and ambiguous fits) 区域的选项,进行了重新排列和命名。

02 多元线性/逻辑回归分析

  • 选择具有自动参考水平规范的分类自变量的模型

  • 指定基于数据的“自动”参考水平规范的方法(第一或最后一个级别,最频繁或最不频繁的级别)

  • 通过MLR参数对话框的“参考水平”选项卡中的“定义分类顺序”选项,指定分类变量级别结果的顺序。

  • 改进的模型控件(树形视图),可以更好地展示类别变量和交互

  • 对话框中的简化模型表示

  • 使用数据表中的数据或参数对话框(仅适用于多重线性回归)中每个预测变量的指定值,对结果变量(因变量)的值进行插值

  • 改进的相关矩阵输出,从而生成其结果的热图

03 多重双样本测试分析

多重双样本测试分析(多重t检验分析)现在包括以下选项:

  • 具有Welch校正的多重非配对t检验
  • 多重配对t检验
  • 多重比率-配对(ratio-paired)t检验
  • 多重非参数非配对的Mann-Whitney检验
  • 多重非参数配对的Wilcoxon检验
  • 多重非参数非配对Kolmogorov-Smirnov检验

04 行统计分析

行统计(Row statistics)分析:

  • 允许计算带有自定义置信区间水平的均值
  • 允许计算带有“无误差”、“四分位数”、“最小/最大”以、“百分位数”的中位数
  • 允许计算带有“无误差”,“几何标准差”,“置信区间”的几何均数

05 双因素方差分析

双因素方差分析(Two-way ANOVA):仅含主效应模型

  • 在双因素方差分析中,对重复测量数据,允许使用仅含主要效果模型(无交互作用项)
  • 在双因素方差分析中,对仅含主效应模型,允许缺失因子水平组合
  • 对于无重复的双因素方差分析,不允许进行“简单效应”多重比较

06 其它功能改进内容:

  • 使用分析常量名称而不是值生成带有链接参数,来设置标准转换的默认标题。

  • 在“参数:非线性回归”对话框的“置信度”选项卡中将默认值选项更改为不稳定。 

  • 更新了可在多变量表上执行的分析行为,以正确处理不同的变量类型

  • 创建相关矩阵时,请选择忽略所有缺少值或排除值的行。选择此选项后,矩阵中的所有相关系数均从同一组行计算得出

  • 允许使用“选择和转换”分析,在绿色的多变量结果表中定义变量的类型

  • (Mac)添加了警告:“您正在尝试分析单个列。如果要执行单样本t检验,请使用一个样本t检验( One samplet)和Wilcoxon检验进行分析。t检验需要两组数据(均在Y列中;X列将被忽略)”

GraphPad Prism 9.0.0 非数学功能改进

01 新的数据表列数上限

  • 提升到1024个数据集[字母A到AMJ]和512个子列的数据表限制。
  • 提升了图形数量上限,可以绘制1024个数据集。

02 多变量数据表

  • 在Prism的多变量数据表中支持文本变量。
  • 在Prism的多变量数据表中实现了定义变量类型的功能

03 特殊符号和Unicode

  • 在“插入”主菜单中添加了“Character>Unicode       Symbols…”命令,该命令将打开标准系统“字符映射”对话框,并允许输入更多种类的特殊符号。
  • (Windows)升级了Prism的“插入字符对话框”( Insert Character Dialog),并用兼容Unicode的字符替换了将Symbols字体用于希腊语/数学/欧洲字符的旧方法,从而实现了跨平台和第三方应用程序的无缝兼容性。

04 在右键单击任何工作表(sheet)类型(包括图形和布局)时,将看到 “导出”(Export)命令添加到在导航器中打开的上下文菜单中。


05 如果删除生成图形的父分析,Prism也会删除对应的图形;但是当分析将曲线添加到现有数据的图形时,Prism不会删除该图形。


06 在“更改”(Change)主菜单中将命令“选择配色方案…”更改为“配色方案>”,并打开显示相同内容的子菜单,但背景、绘图区域和“气泡图”的轴除外。


07 在主菜单的“更改->配色方案”和工具栏的“更改颜色”下拉菜单中,添加了具有半透明配色方案的新区域。


08 根据数据表和结果表绘制的图形,对该图形或图形上数据点进行格式设置:

  • (Windows)在数据表及其带有条形的散点分组图中,通过“格式点”(Format       Points)右键快捷菜单,可以对条形、误差条和线条格式进行设置
  • (Windows)在数据表及其散点分组图中,通过“格式点”(Format       Points)右键快捷菜单,可以对柱子、误差条和线条格式进行设置。
  • (Windows)在数据表及其小提琴图中,通过“格式点”(Format       Points)右键快捷菜单,可以对线条和“四分位数”格式进行设置。
  • (Windows)在叠加散点图的数据表中,通过“格式点”(Format       Points)右键快捷菜单,可以对误差条和线条格式进行设置。
  • (Windows)在绿色结果表中,可对其对应图形的数据点格式进行设置。
  • (Windows)在数据表中,通过“格式点”(Format       Points)右键快捷菜单,可以对小提琴图中选择的符号的格式进行设置。
  • (Windows)在仅有小提琴图的图中,可以通过右键快捷菜单,设置方向为反方向
  • (Mac)在由均值和中位数的数据表生成的图中,可以通过“格式点”(Format Points)右键快捷菜单的线条设置区域,对数据点进行设置。

09 从“欢迎”对话框,到示例数据文件的浮动注释,URL已更新指向“ Prism 9用户指南”(而不是早期版本的指南)。


10 (Windows)Prism现在可以将Excel中的“ True”或“ False”布尔值分别作为“ 1”和“ 0”导入Prism的多变量数据表中。


11 (Windows)在Family导航器面板中打开的“删除工作表”对话框中,Prism将显示Family中的所有工作表。


12 (Windows)将系统要求更新为Windows7。添加了当Prism在Vista上启动时提示更新Windows的警告。


13 (Mac)删除了以下数据表中每个单独列顶部的“ Y”标签:列表/分组表/列联表/多变量表/整体部分数据表。


14 (Mac)Prism会记住上一次使用的窗口的大小,并将其用作新窗口的默认大小。


15 (Mac)在“整体部分图”(Part of Whole)中,在“修改”(Change)区域和右键快捷菜单中启用了“反向类别顺序”命令。


16 (Mac)在“整体部分图”(Part of Whole)中,在“修改”(Change)区域和右键快捷菜单中,将“反向数据集顺序”名称修改为 “反向类别顺序”。

GraphPad Prism 9.0.0 性能改进

  • (Mac)将“规范化”(Normalize)分析的性能提高了5倍以上

  • 将“相关矩阵”分析的性能提高了20倍以上

  • (Windows)使用残差计算将Fit Spline / LOWESS分析的性能提高了约10倍

  • (Windows)将“简单逻辑回归”分析的性能提高了1.5倍以上

  • (Windows)将“转换”(Transform)分析的性能提高了约4倍

  • (Windows)将“修剪行”(Prune rows)分析的性能提高了约3倍

  • (Windows)将模拟具有大量数值和重复测量值的XY数据的性能提升超过10倍

  • (Windows)当源数据包含大量的行时,切换到分组图形表的性能提升超过3倍

  • (Windows)略微提高了“规范化”(Normalize)分析的性能

  • (Windows)当源数据表多次包含与其他分析链接的数据时,数倍改进了“Monte-Carlo”分析的性能

  • (Mac)将“转换”(Transform)分析的性能提高了约2.5倍

  • (Mac)将“修剪行”分析的性能提高了10倍以上

  • (Mac)改进了当源数据包含大量的行时,切换到分组图工作表的性能提高了超过2倍

GraphPad Prism 9.0.0 基础架构

  • (Windows)Prism 9仅适用于64位Windows。没有Windows的32位版本的Prism

  • (Mac)Prism 9需要macOS 10.12(Sierra)或更高版本

GraphPad Prism 9.0.0 已修复的分析错误

  • (Windows)修复了使用“绘制一个函数”(Plot a function)分析时,在取消勾选“绘制一阶导数”选项后,结果表显示为空的问题

  • 修复了在对大数据使用t检验时,执行提取和重新排列分析时发生崩溃的问题

  • 修复了在使用特殊的不当语法,尝试执行自定义方程式分析时崩溃的问题

  • 修复了在单因素方差分析结果表中,如果未对所有的数据集进行分析,“分析的数据集”行中列字符显示错误的问题

GraphPad Prism 9.0.0 已修复的图形错误

  • (Mac)修复了如果第二个条形图的值设置为零时,交错图上的条形图重叠的问题

  • 修复了条形图上某些条形,在应用于所有数据集的图案填充时,填充丢失的问题

  • 修复了在“定义配色方案”对话框的“数据集”部分中选择了“全部”选项时,颜色设置未应用于图形的问题

  • 修复了在分组散点图中,如果元数据表包含大量的行,一些数据点超出周坐标轴范围的问题

  • 修复了在“格式图”对话框中选择了“散点图”或者“对齐点图”选项后,“中位数”会意外的变为为“均值”的问题

  • 修复了克隆图形并更改数据表格式以显示误差值后,排除的X值属性有时丢失的问题

  • 修复了在执行“应用数据集格式”上下文命令后,无法使用数据表上的“格式点”右键快捷菜单来格式化XY图上的数据点的问题

  • (Windows)修复了当您尝试格式化图形中的单个小提琴图时,它会意外更改整个数据集的所有小提琴图的问题

  • (Windows)修复了在分组图上添加新数据并单击X轴,如果条形不显示,则行标题在分组图上损坏的问题

  • (Windows)修复了对两个带星号的图形括号执行“组合”命令后,图形从工作表中消失的问题。 

  • (Windows)解决了在图形中添加另一个阴影后,自定义轴线之间的阴影丢失的问题

  • (Windows)修复了复制图形族(Family)后结果图形上的点未保留颜色格式的问题

GraphPad Prism 9.0.0 其他修复的错误

  • (Mac)修复了工具栏上“突出显示所选单元格”图标中缺少黄色的问题

  • 修复了“格式对象”(Format Object)对话框中的“设置为默认”选项不适用于文本对象的问题

  • 在分组图或者嵌套小提琴图中,如果一个数据集绘制并显示了数据点,“修改图片类型”对话框中的 “Plot”下拉菜单和“显示截取的小提琴图”勾选框会意外显示的问题

  • 在“参数分析”对话框和结果表中使用Šídák代替Sidak

  • (Windows)修复了在取消Magic功能的第二步操作后,调用图形的“格式轴”(Format      Axes)后发生崩溃的问题。

  • (Windows)修复了在“格式图”对话框中,对全局数据集中的奇数数据集,修改图形外观时的崩溃问题

  • (Windows)修复了使用带有残差图分析时如果删除然后恢复工作表,在导航栏Family面板的图库视图(选中Family,右侧将展示所有Family工作表的缩略图)中,重命名多个工作表会崩溃的问题

  • (Windows)修复了如果将数据表中的多个数据集被单个数据集替换时,将散点图转换为小提琴图时会发生崩溃的问题

  • 修复了在包含大量值(大约500,000)的数据表中,对一个数据集创建大量子列(Prism 8超过178,Prism 9超过238)时崩溃的问题

  • (Windows)修复了如果任一个数据集包含大量值时,创建大量子列并填充时崩溃的问题。

  • (Windows)解决了当更改具有大量子列和行的数据表时,修改重复测量值编号时出现意外警报的问题

  • (Windows)修复了在插入超出支持的最大列数的数据时未出现警告的问题

  • 修复了当尝试向带有很多子列的数据表中添加大量值,但是未添加值时,出现意外警报的问题 

  • (Windows)修复了当删除数据表的一行时,多行标题仅第一行可见的问题

  • (Windows)修复了在结果表中无法设置数据点格式的问题

  • (Windows)修复了在拉伸“欢迎”对话框时左上角控件未对齐的问题

  • (Windows)解决了在“替换数据集”对话框的“提示”区域中,在包含数字的数据集标题旁边显示意外字符的问题

  • (Windows)解决了在图形上只有一个或者没有图例时,“反向图例顺序”命令意外可用的问题

  • (Windows)修复了当图表上没有误差线时,数据表的“格式点”邮件快捷菜单中的“误差线”部分没有不可用的问题

  • (Windows)修复了使用键盘的End键导航到包含大量数值数据集的底部时,一部分数据表不可见的问题

  • (Windows)解决了在“信息表”和“信息表的说明栏”中,选择撤消操作后会崩溃的问题

  • (Mac)修复了在切换到具有256个数据集和256个重复测量值的模拟XY数据表时,Prism会冻结的问题

  • (Mac)修复了无法创建或打开包含大量数据(256个数据集,256个重复,500行)的Prism文件的问题

  • (Mac)修复了热图的“格式图”(Format      Graph)对话框的“间隙”(Gap)选项卡中,设置线宽的“Also draw lines”下拉菜单断开的问题

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